Λίγα χιλιόμετρα απο την Υπάτη Φθιώτιδας, σε πλαγιά τoυ όρους Οίτη, βρίσκεται η ανδρική Μονή Αγάθωνος, που οφείλει το όνομά της στον ιδρυτή της μοναχό Αγάθωνα. Σύμφωνα με τα μορφολογικά στοιχεία η εποχή ιδρύσεώς της τοποθετείται στον 15ο αιώνα. Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας υπήρξε καταφύγιο των αγωνιστών και πυρπολήθηκε απο τους Τούρκους το 1821. Το τελευταίο μισό του αιώνα, η Μονή γνώρισε μεγάλη ακμή και για αρκετά χρόνια λειτούργησε εκεί Γεωργοτεχνική Σχολή.

Τα κελιά, που είχαν ερειπωθεί κατά τη διάρκεια του τελευταίου πολέμου κι ανακατασκευάστηκαν, περιβάλλουν το Καθολικό που είναι αφιερωμένο στην Παναγία.

Στην ιερά Μονή Αγάθωνος φυλάσσονται εικόνες, τμήματα τέμπλων, βημόθυρα, λειψανοθήκες, άμφια και βιβλία απο το 15ο αιώνα.

Το Μουσείο αναπτύχθηκε παράλληλα με το κτίσμα των Ξενώνων και προσανατολίστηκε και αυτό προς τον Ιερό Ναό της Παναγίας Θεοτόκου, που αποτελεί και το κεντρικό σημείο του Μοναστηριού.

Η κύρια πρόσβαση στο κτίριο γίνεται από τη ΒΔ πλευρά του που είναι και η είσοδος του Μοναστηριού. Στην είσοδο υπάρχει στεγασμένο προστύλιο για την υποδοχή των επισκεπτών. Δυνατότητα εισόδου υπάρχει και από την εσωτερική αυλή του Μοναστηριού, όπου βρίσκεται ο Ιερός Ναός. Οι επισκέπτες έχουν τη δυνατότητα, διασχίζοντας την πτέρυγα των ξενώνων, να βρεθούν στη στάθμη του υπογείου του Μουσείου και από εκεί με κλιμακοστάσιο στο χώρο υποδοχής. Ο Εκθεσιακός χώρος διασπάστηκε σε δύο συνεχόμενες αίθουσες. Στην πρώτη αίθουσα γίνεται εκμετάλλευση όλου του ύψους, ενώ στη δεύτερη υπάρχει εξώστης.

Από τον χώρο της Υποδοχής μπορούμε επίσης να επισκεφτούμε τη Βιβλιοθήκη του Μουσείου που βρίσκεται στη ΝΑ πλευρά του κτιρίου εξασφαλίζοντας την απομόνωση από το κοινό. Στο διάδρομο που συνδέει τον χώρο Υποδοχής με την Βιβλιοθήκη υπάρχει κλιμακοστάσιο που οδηγεί στον εξώστη, όπου βρίσκεται και το γραφείο του Μουσείου και το Εργαστήριο πρόχειρων συντηρήσεων.